Der findes flere forskellige typer filtermedier, der bruges i akvariefiltre. Mekanisk filtermedie, som filtersvampe eller filtervat, opfanger snavs og partikler i vandet. Biologisk filtermedie, for eksempel keramiske ringe eller biobolde, giver en stor overflade, hvor gavnlige bakterier kan etablere sig. Kemisk filtermedie, som aktivt kul, bruges undertiden til at fjerne visse stoffer fra vandet.